Instalación de CellProfdiler

Introducción.

CellProfiler es un programa dedicado usado para crear pipelines de análisis de imágenes de microscopía con focal. La idea es facilitar el procesamiento estandarizado y en lote de muchas imágenes (https://cellprofiler.org/).

En la página de internet se pueden descargar versiones para Windows y MacOS, sin embargo, la isntalación en Linux es un poco más artesanal. Aquí dejo las instrucciones para instalar la versión 4.

Instrucciones.

1. Crear un ambiente virtual con las dependencias. Este ambiente está basado en el propuesto en la página de GitHub (https://github.com/CellProfiler/CellProfiler/wiki/Conda-Installation). Sin embargo, algunas dependencias no eran compatibles, en especial libtiff. El contenido del archivo yml es el siguiente:

name: cp4

channels:
- conda-forge
- anaconda
- bioconda
- defaults

dependencies:
- python
- pip
- numpy
- matplotlib
- pandas
- mysqlclient
- openjdk
- scikit-learn
- mahotas
- gtk2
- Jinja2=3.0.1
- inflect=5.3.0
- wxpython=4.1.0
- mysqlclient=1.4.4
- sentry-sdk=0.18.0
- libtiff=4.0

1. Activar el nuevo ambiente virtual e instalar CellProfiler con pip.

pip install cellprofiler